Die örtliche Wirtschaft ist für jede Gemeinde ein wichtiger Faktor. St. Margarethen war über viele Jahrzehnte eine landwirtschaftlich geprägte Gemeinde. In der Nachkriegszeit bis in die frühen 90er- Jahre war neben dem Ackerbau vor allem der Weinbau dominierend. Der Weinbau ist auch heute noch ein Aushängeschild der Gemeinde, auch wenn sich die Struktur von einst vielen Nebenerwerbsbauern hin zu einigen wenigen Weinbauspezialisten entwickelt hat.
Neben den großen Wirtschaftsbetrieben wie Familypark, Opernfestspiele oder der Baufirma Ing. A. Waha ist die örtliche Wirtschaft eher kleinstrukturiert. Viele Klein- und Kleinstbetriebe prägen den Dorfcharakter. Der Tourismus mit seinen Beherbergungs- und Gastronomiebetrieben ist dabei ein nicht zu unterschätzender Faktor.
Dennoch muss St. Margarethen auch als eine Pendlergemeinde bezeichnet werden, wobei der Großteil der Arbeitnehmer in der benachbarten Landeshauptstadt bzw. in der nur ca. 40 Autominuten entfernten Bundeshauptstadt ihre Arbeit finden.